El videojuego trata de rescatar a la Princesa Peach y a sus súbditos en su propio reino, el Reino Champiñón, que ha sido invadido por los Koopa Troopa, una tribu de malvadas tortugas que en la invasión convirtieron la gente del reino en rocas, ladrillos y incluso, en champiñones. Entonces, el Rey de los Koopa era el malvado Bowser, quien se apoderó del trono. Sin embargo, como resultado de esta invasión de los Koopa y el reinado de en Bowser, el reino se produjo un gran caos y una desesperación profunda. Sin embargo, se dice que la única hija del Rey del Reino Champiñón, la princesa Peach, podría deshacer el conjuro que tenía aplicada la gente del reino y por tanto, podría volver a la normalidad. En Bowser, que conocía de pies a cabeza el conjuro, raptó a Peach y la cerró en uno de sus castillos.
La terrible noticia llegó hasta los oídos de un humilde fontanero llamado Mario, quien era valiente y además, hizo el juramento de rescatar a la princesa ya sus súbditos del malhechor que los tendría encarcelados.
